急诊科、肾病科、脾胃病科、儿科、眼科、耳鼻喉科、皮肤科、风湿病科、妇科、骨伤科、外科、男科、麻醉科、肛肠科、肿瘤科、推拿科、针灸科、脑病科、老年病科、心肺科、口腔科、内分泌科、康复科、体检、治未病中心(养生保健中心)共23个临床科室及云南名医馆、供应室、注射室
功能科、检验科、输血科、放射科、病理科
党办、院办、医务科、护理部、纪监审室、人事科、财务科、宣传科、设备科、科教科、GCP办公室、信息中心、医保预防科、保卫科、后勤基建科、工会、团委、感染管理科、集团办、离退休科、中心实验室、滇池医院项目办、药学部共22个职能科室及制剂中心
综合办、教学管理科、学生管理科、综合模拟实验室、研究生科共6个教学科室及10个教研室
西园路门诊、新迎门诊、金牛小区门诊、丰宁门诊共4个院外门诊点
监察审计办公室
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