我院位于昆明市五华区光华街120号，东临昆明市重点文物保护单位人民抗日战争胜利纪念堂，南临光华街，西临五一路，北与云南省粮食厅相邻，地处昆明市中心地带。医院从中华人民共和国成立前的云南大学医学院附设医院分院至今，经历了六个发展阶段。
第一阶段 云南大学医学院附设医院分院
云南大学医学院附设医院分院成立于1947年10月，院址为昆明市云瑞西路27号即现29号砖混木结构四层楼房。1950年10月，云南大学医学院附设医院与甘美医院合并，分院房屋、部分人员及少量药品器械即移交云南省人民政府卫生处管理。
第二阶段 云南省人民政府卫生处总门诊部
1950年10月，云南省人民政府卫生处接管云南大学医学院附设医院分院后，11月1日，在原分院的基础上成立了云南省人民政府卫生处总门诊部。
第三阶段 云南省中医院
1955年4月25日，云南省人民委员会批准，在总门诊部的基础上成立云南省中医院。经过一段时间的筹备，云南省中医院于7月1日正式成立，成立时仍保留总门诊部（1957年3月5日撤销）及原业务科室建制，分设了住院部和门诊部。
第四阶段 云南中医学院附属医院
1960年5月，中共云南省委批准成立云南中医学院。8月29日云南省委指示，1960年9月1日，云南省中医院划归云南中医学院管理。云南省中医院遂于10月1日更名为云南中医学院附属医院。
第五阶段 云南中医学院附属医院暨云南省中医医院
1996年7月26日，经云南省卫生厅和云南中医学院研究决定，恢复“云南中医学院附属医院”原“云南省中医医院”名称，维持一套班子、两块牌子，同年根据《医疗机构管理条例》的有关规定，确定“云南省中医医院”为医院第一名称。
第六阶段 云南中医学院第一附属医院暨云南省中医医院
2003年1月，云南中医学院附属医院更名为云南中医学院第一附属医院。2013年6月17日，成立云南省中医医疗集团。2003年10月，经云南中医学院批准，将云南中医学院医学系组建为云南中医学院临床医学院。
医院1994年被国家中医药管理局评定为三级甲等中医医院， 2007年被评为云南省中医名院，2009年被列为云南省中医临床研究基地建设单位，是集云南省99家省、州（市）、县（区）中医院和相关单位为一体的云南省中医医疗集团总医院， 2012年经国家中医药管理局复审再次被评为三级甲等中医医院。目前实行云南省中医医院、云南中医学院第一附属医院、云南省中医医疗集团总医院、云南中医学院临床医学院四块牌子一套班子的管理运行模式。
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